一流的科研不需要一流的英语
追求“影响因子”方向偏离了
朱清时对当今国内学界的导向性发表了自己的看法，“如今的考核指标过分定量化，一年要求刊登出几篇文章，而且追求‘影响因子’，专业学术杂志当然没有公众杂志影响因子高，大家关注的方向就偏离了，专业性不强，质量和内涵没有得到足够的重视”。
一流的科研不需要一流的英语
朱清时认为：“一流的科研不需要一流的英语，我们现在的年轻人花太多时间在英语上，占用了很多搞科研的时间和精力。去年诺贝尔物理学奖得主益川敏英就是土生土长的日本人，没留过洋，没学过英语，当然这个例子不具有代表性，我只是想让大家不要在枝节末叶上花太多经历，我本人第一外语是俄语，出国留学之前学过半年英语，到了国外，经过了一段适应期，虽然写得不好，但可以交流就够了”。
爱因斯坦最讨厌的科研方法
“爱因斯坦最讨厌的是找出几块木板在最薄弱的地方钻很多孔”，朱清时认为，当今的青年人很多时候不清楚什么是值得追求的一流的科研工作。他说：“科研不是一朝一夕的事情，因为工作太忙，我第二个任期内就不带研究生了，到现在也没有研究生，不能耽误学生”。
“卸任中科大校长的职务后，我有时间重读学术杂志”，朱清时说，“但是通过翻看这些杂志我发现，国内目前的学术氛围比过去有所退步，创新能力在萎缩”。
“可以说登在杂志里的文章十分之九都不值得看，很多杂志翻翻封面就可以放下了”，朱清时毫不讳言自己的想法，“苦苦发现的十分之一，真正能看完受启发的更是少之又少，有时候简直是在浪费资源，从造纸到写文章，到出版、印刷、邮递，再到大家都不看，扔到垃圾箱，重新回收利用，继续造纸……”
陈省身数学研究所是中国高校科研机构的一颗“明珠”
朱清时认为，在国内科研机构创新能力普遍萎缩的形势下，有一个例外，“去年，全国高校负责人在浦东干部学院学习，我在会上说，中国高校科研机构中，有一颗‘明珠’，再过若干年，他会更耀眼，那就是南开大学陈省身数学研究所”。不为竞争科研经费劳神费力、有宽松的科研环境，是朱清时下此结论的依据，他说：“这与南开数学所一直以来贯彻陈省身先生建所时的思路密不可分，先生曾经提出过‘不开会、无计划、多做事’的九字方针，我觉得真的值得全国其他高校科研机构借鉴学习”。
朱清时说：“过去国内学术界有一个好的习惯，每个课题组的青年教师和研究生定期开会讲解自己的科研活动进展、出现的问题、未来的思路，然后大家提意见，集思广益，很容易让研究者抛弃错误观念，取得进步。现在除了南开数学所还在做，我看到的很多高校科研院所都已经不做了，固步自封定然前景渺茫”。
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